Ich habe ein ähnliches Problem.
Ich verwende ebenfalls von Codesys (V3.5 SP17) allerdings mit einem RevPi Connect + Codesys und einer RevPi DIO.
Pakete habe ich folgende installiert:
Revolution Pi Library for CODESYS Version 1.1.0.0
CODESYS Control for Raspberry PI Version 4.0.0.0
Beim übersetzen ...

Bei dem Einloggen mit CODESYS V3.5 SP17 auf den RevPi Connect + Codesys kommt es zu folgender Fehlermeldung:

Das gewählte Zielsystem stimmt nicht mit dem verbundenen Gerät überein. Versionskonflikt: Ausgewählt=4.0.1.0, Online=4.0.0.0

Wir haben den RevPi Connect wie in der Quick-Start Anleitung ...